包茎の場合、余った包皮により亀頭が常に通気性を失い、亀頭の根元が湿った状態を保ち続けます。ここに恥垢がたまり、病原菌が繁殖することになります。
包茎が原因でおこる性病の中で、症例が多いのが尿道炎・コンジロームです。性病ではありませんが、包皮についた傷から雑菌が進入して化膿する包皮炎もよくあります。原因は、セックスが関与する場合が多いのです。女性に対しては、子宮頸ガンの誘引になるといわれています。
また、包茎の人の陰茎の包皮内にある一種のあかであるスメグマが、発ガンの誘因になるのではないか、とも考えられています